每天早上起来肚子疼可能由多种原因引起。比如，胃肠功能紊乱可能导致这种情况，部分人早上起来后胃肠蠕动变化，容易出现腹痛，一般这种情况可能会持续一定时间，但具体因人而异。
胃肠道疾病因素
十二指肠溃疡：
十二指肠溃疡的典型症状是空腹疼痛，很多人会在早上起来时感觉到上腹部疼痛，疼痛性质多为隐痛、胀痛或灼痛等。一般这种疼痛可能会持续几分钟到几小时不等。患者还可能伴有反酸、嗳气等症状。
胃炎：
患有胃炎的人，早上起来后，胃酸分泌增加，刺激胃黏膜，也会引起肚子疼。胃炎有不同类型，如慢性非萎缩性胃炎、萎缩性胃炎等，疼痛程度和表现可能有所差异。部分人疼痛较轻微，表现为隐痛，而严重的胃炎可能会出现较剧烈的疼痛。
腹部受凉因素
晚上睡觉没盖好被子，腹部着凉，早上起来后可能会出现肚子疼的情况。尤其是气温较低的时候，腹部受到寒冷刺激，胃肠道平滑肌痉挛，就会引发疼痛。这种疼痛一般是阵发性的，用热水袋热敷腹部后，疼痛可能会有所缓解。
饮食因素
前一天晚上进食了刺激性食物，比如吃了大量辛辣、油腻的食物，或者吃得过饱，早上起来也可能肚子疼。辛辣食物会刺激胃肠道黏膜，油腻食物不易消化，加重胃肠负担，从而导致肚子疼。例如，前一天晚上吃了很多辣椒，第二天早上可能就会感觉肚子不舒服、疼痛。