胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些潜在危害。通常正规操作下，严重危害发生概率较低，不过仍有一些情况需要注意。
检查过程中的不适反应
恶心呕吐： 在胃镜检查时，内镜通过咽喉部位可能会刺激咽部，引发恶心呕吐的感觉，尤其是对于一些咽喉比较敏感的人来说，这种不适可能会比较明显，不过一般检查结束后很快就能缓解。腹痛腹胀： 检查过程中内镜进入胃部，可能会导致短暂的腹痛腹胀，多数人在检查后短时间内可自行恢复。
可能的并发症
出血： 虽然发生概率较低，但如果患者本身有消化道溃疡等情况，在胃镜操作时可能会导致局部黏膜损伤引起少量出血，不过大多可以自行止血。严重的大出血情况极为罕见，一般在正规医院由经验丰富的医生操作时发生几率极低。穿孔： 这种情况非常少见，多发生在本身有消化道严重病变，如消化道肿瘤导致胃壁变薄等情况时，内镜操作可能会导致胃穿孔，但通过及时处理大多也能得到妥善治疗。
对身体的心理影响
心理压力： 部分人对胃镜检查存在恐惧心理，在检查前可能会过度紧张焦虑，而检查过程中的不适也可能会加重这种心理负担。不过现在也有无痛胃镜等方式，可以减轻患者的心理和身体不适。误吸风险： 在胃镜检查过程中，如果患者不能很好地配合，有可能会发生误吸，尤其是本身有肺部疾病或者吞咽功能不好的患者，但正规操作中会采取措施尽量避免这种情况发生。