胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些潜在危害。总体而言，严重危害发生的概率较低，大约在千分之几的水平。
检查过程中的不适反应
恶心呕吐： 在胃镜检查时，管子通过咽部进入食管，很多人会出现不同程度的恶心、呕吐反应，尤其是操作不熟练或者受检者比较紧张时，这种不适可能会更明显。咽喉部损伤： 检查过程中胃镜通过咽喉部，可能会对咽喉部黏膜造成轻微擦伤，检查后短时间内可能会有咽喉部异物感、轻微疼痛，一般1 - 2天可自行缓解。
特殊人群的风险
心脏病患者： 对于本身有冠心病、心律失常等心脏疾病的患者，胃镜检查时的刺激可能会诱发心绞痛、心律失常等。比如本身有严重心律失常的患者，在胃镜刺激下可能导致心律失常加重。高血压患者： 检查时紧张等因素可能引起血压波动，原本血压控制不佳的高血压患者，检查中血压可能会明显升高，增加心脑血管意外的风险。
罕见的严重并发症
穿孔： 虽然非常罕见，概率低于1‰，但如果受检者本身有消化道溃疡、肿瘤等病变，胃镜操作可能导致消化道穿孔，此时需要紧急手术治疗。出血： 极少数情况下，胃镜检查可能损伤消化道血管引起出血，若病变部位血管较粗，可能会导致较大量出血，需要进行止血等处理。