海狗丸可能存在一些副作用。目前有研究发现，部分人服用海狗丸后可能出现胃肠道不适，比如恶心、腹胀等症状，发生率大概在5% - 10%左右。
对心血管系统的潜在影响
有个别案例报道显示，长期或过量服用海狗丸可能会对心血管系统产生一定影响。例如，可能导致血压出现波动，有少数人服用后收缩压会升高5 - 10mmHg左右，但这种情况相对较少见。不过，本身有高血压基础疾病的人群，服用海狗丸后需要密切监测血压变化。
对内分泌系统的干扰
海狗丸中含有的一些成分可能会干扰内分泌平衡。对于男性而言，可能会影响雄激素和雌激素的正常比例。有研究观察到，连续服用海狗丸1个月以上的男性，约有3% - 7%的人出现雄激素水平轻度下降的情况。而对于女性，可能会影响月经周期，有少量女性服用后出现月经周期延长或缩短1 - 2天的情况，但一般在停止服用后可逐渐恢复。
与其他药物的相互作用风险
海狗丸与一些常见药物可能存在相互作用。比如，它与抗凝药物（如华法林）同时服用时，可能会影响抗凝效果。有案例显示，同时服用海狗丸和华法林的患者，国际标准化比值（INR）可能会较单独服用华法林时有所波动，波动范围大约在0.5 - 1.0之间。所以，正在服用其他药物的人群，在服用海狗丸前一定要咨询医生，避免药物相互作用带来不良后果。