肾结石的形成与多种因素相关，通常是尿液中某些物质浓度过高，析出结晶逐渐形成结石。一般来说，肾结石的形成涉及代谢、饮食、疾病等多方面因素。
代谢异常导致
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结石。比如尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，超过尿液的溶解度，钙就可能结晶析出形成结石。正常情况下，人体尿液中的各种成分保持着一定的平衡，一旦这种平衡被打破，就为结石形成创造了条件。尿量过少： 尿量减少会使尿液中有害物质的浓度相对升高，增加结晶沉淀的机会。正常人每天尿量应维持在2000毫升以上，如果尿量长期少于1000毫升，就更容易长肾结石。比如一些出汗多但饮水少的人，尿量减少，就增加了肾结石的发生风险。
饮食因素影响
高草酸食物摄入： 像菠菜、甜菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，如果长期大量食用，会导致尿中草酸排泄增加。例如，每天大量吃菠菜，就可能使尿液中草酸浓度显著升高，进而促进肾结石形成。因为草酸与钙结合形成草酸钙结石的可能性较大。高嘌呤食物摄入： 动物内脏、海鲜、肉类等属于高嘌呤食物，嘌呤代谢的最终产物是尿酸，过多摄入高嘌呤食物会使尿酸生成增多，当尿酸排泄不畅时，就容易形成尿酸结石。比如长期大量吃动物内脏的人，尿酸水平可能升高，增加患尿酸结石的几率。
疾病相关因素
泌尿系统梗阻： 如果存在输尿管狭窄、前列腺增生等情况，会导致尿液排出受阻，尿液在肾脏内停留时间过长，其中的结晶就容易沉积形成结石。例如，前列腺增生的患者，由于尿道梗阻，尿液排出不畅，尿液中的一些成分就容易沉淀，逐渐形成结石。尿路感染： 某些细菌感染会改变尿液的酸碱度，使尿液中的晶体物质更容易沉淀。比如变形杆菌感染可分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙结石形成。而且感染还可能使尿路黏膜出现损伤，为结石形成提供基础。