肾结石的形成与多种因素有关，通常是尿液中某些成分浓度过高，析出结晶并逐渐形成结石。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等物质的代谢异常是引发肾结石的重要原因。
代谢异常相关因素
尿液中钙含量过高：当身体对钙的吸收、排泄出现异常时，尿液中钙的浓度会升高。例如，一些人肠道对钙的吸收增多，或者肾脏对钙的重吸收增加，又或者是尿液中钙的排出减少，都可能导致尿液中钙浓度过高，进而容易形成肾结石。据研究，约有60%的肾结石患者与尿液钙排泄增加有关。草酸摄入过多：日常饮食中如果摄入大量草酸含量高的食物，像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等，会使体内草酸含量升高，经过代谢后尿液中草酸浓度也会随之升高，增加肾结石形成的风险。比如，长期大量食用菠菜的人群，患肾结石的几率相对会比一般人高。尿酸排泄增多：体内嘌呤代谢紊乱会导致尿酸生成过多，或者肾脏排泄尿酸减少，都会使尿液中尿酸浓度增高。当尿酸浓度超过其在尿液中的溶解度时，就容易析出结晶形成尿酸结石。有数据显示，高尿酸血症患者发生肾结石的概率比正常人高很多。
泌尿系统相关因素
尿路梗阻：如果存在尿路狭窄、前列腺增生、输尿管畸形等情况，会导致尿液排出受阻。尿液在尿路中停留时间过长，其中的结晶物质就容易沉积下来形成结石。例如，前列腺增生的患者，由于尿道梗阻，尿液排出不畅，很容易引发肾结石。感染因素：泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。比如，肾盂肾炎患者，炎症会改变尿液的成分和酸碱度，有利于结石的形成。而且，感染产生的一些物质还会干扰尿液中晶体的平衡，进一步促进结石的生长。
其他相关因素
水分摄入不足：如果平时喝水过少，尿量就会减少，尿液中各种溶质的浓度相对升高，结晶更容易析出。一般建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，降低结石形成的风险。如果长期喝水少，就会增加肾结石的发病几率。某些疾病影响：一些代谢性疾病，如甲状旁腺功能亢进症，会导致血钙升高，进而使尿液中钙排出增多；还有肾小管酸中毒等疾病，也会影响尿液的成分和酸碱度，增加肾结石的发生风险。