孕酮低可能由多种原因引起。正常女性在月经周期不同阶段孕酮水平有变化，卵泡期孕酮水平较低，一般小于3.2nmol/L，黄体期会升高，可达9.5~89nmol/L。如果怀孕后孕酮低，可能存在问题。
内分泌系统因素
卵巢功能异常： 卵巢是分泌孕酮的主要器官，若卵巢本身功能出现问题，比如卵巢储备功能下降，会影响孕酮的分泌。例如，一些患有多囊卵巢综合征的女性，其卵巢功能紊乱，就可能出现孕酮水平偏低的情况。下丘脑 - 垂体功能失调： 下丘脑和垂体调控着卵巢的功能，当下丘脑或垂体出现病变时，会影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢分泌孕酮。比如长期精神压力大、过度劳累等，可能导致下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节紊乱，引起孕酮低。
妊娠相关因素
胚胎发育异常： 在怀孕早期，若胚胎发育不良，如染色体异常等情况，会影响胎盘的功能，导致孕酮分泌不足。据统计，约有一部分自然流产的情况与胚胎发育异常导致的孕酮低有关。宫外孕： 宫外孕时，胚胎着床在子宫以外的部位，如输卵管等，这种异常的妊娠部位会影响孕酮的分泌，导致孕酮水平低于正常宫内妊娠的水平。
其他因素
疾病影响： 一些疾病也会导致孕酮低，比如甲状腺功能减退症，甲状腺功能异常会干扰激素的平衡，影响孕酮的分泌。还有肾上腺疾病等，也可能波及孕酮的分泌过程。药物影响： 某些药物的使用也可能影响孕酮水平，比如长期使用某些糖皮质激素类药物等，可能会对内分泌系统产生干扰，导致孕酮降低。