阴蒂肥大可能由多种原因引起。一般来说，先天性因素是常见原因之一，比如先天性肾上腺皮质增生症，这是一种常染色体隐性遗传病，发病率约为1/10000~1/15000。
先天性因素
遗传因素导致的先天性肾上腺皮质增生症： 由于基因缺陷，使得肾上腺皮质激素合成过程中某些酶缺乏，从而影响激素平衡，导致阴蒂肥大。这种情况往往从婴儿时期就可能有相关表现，需要通过基因检测等手段来辅助诊断。单纯性阴蒂肥大： 可能与胚胎发育过程中的一些偶然因素有关，导致阴蒂组织异常增生，出现肥大现象，但具体的胚胎发育异常机制还在进一步研究中，但这种先天性的单纯性阴蒂肥大也会表现为阴蒂体积大于正常范围。
内分泌因素
雄激素水平异常升高： 当体内雄激素水平异常升高时，会刺激阴蒂组织增生肥大。比如患有卵巢肿瘤等疾病时，可能会导致雄激素分泌过多；还有些女性可能存在肾上腺疾病，使得肾上腺分泌过多雄激素，进而引起阴蒂肥大。一般需要通过检测性激素六项等指标来评估雄激素水平情况。内分泌失调综合征： 某些内分泌失调相关的综合征也可能伴随阴蒂肥大的表现，例如多囊卵巢综合征，除了有月经不调、多毛等表现外，部分女性也可能出现阴蒂相对肥大的情况，这与该综合征导致的激素代谢紊乱有关。
其他因素
外伤后： 如果阴蒂部位受到外伤，在修复过程中可能出现组织增生，从而导致阴蒂肥大。比如在一些意外事故中阴蒂受伤，后期愈合过程中组织异常修复，就可能出现阴蒂体积增大、形态改变等情况。长期局部刺激： 长期慢性的局部刺激也可能导致阴蒂肥大。例如一些不恰当的卫生清洁方式，过度摩擦阴蒂部位，或者穿着紧身不透气的内裤，长期刺激阴蒂组织，可能会引起阴蒂的增生肥大，但这种情况相对比较少见，不过也是需要考虑的一个因素。