阴蒂肥大可能由多种原因引起。一般来说，先天性因素是导致阴蒂肥大的常见原因之一，比如先天性肾上腺皮质增生症，这是一种常染色体隐性遗传病，发病率约为1/10000 - 1/15000。
先天性因素
遗传因素导致的先天性发育异常： 某些遗传基因的突变可能使得阴蒂在胚胎发育过程中出现异常增生，从而导致阴蒂肥大。例如，在一些家族遗传的疾病相关基因影响下，阴蒂的发育偏离正常形态，出现肥大情况。先天性肾上腺皮质增生症相关： 这是由于肾上腺皮质激素合成过程中某些酶的缺乏，导致皮质醇合成减少，反馈性引起促肾上腺皮质激素（ACTH）分泌增多，进而使肾上腺皮质增生，雄激素分泌过多。在女性胎儿时期，过多的雄激素刺激会影响外生殖器发育，导致阴蒂肥大，这种情况多在出生后就可发现相关症状。
内分泌因素
雄激素水平异常升高： 除了先天性肾上腺皮质增生症导致雄激素分泌过多外，一些后天因素也可能引起雄激素水平升高，进而导致阴蒂肥大。比如患有卵巢肿瘤等疾病，肿瘤细胞可能分泌过多雄激素；或者是由于垂体疾病等原因，导致体内激素调节失衡，雄激素水平异常增高，长期刺激阴蒂，使其出现肥大现象。激素治疗影响： 如果因病情需要长期使用雄激素类药物进行治疗，也可能出现阴蒂肥大的副作用。例如某些疾病需要使用雄激素药物来改善病情，但长期使用可能会影响外生殖器的形态，导致阴蒂肥大。
疾病相关因素
两性畸形： 真两性畸形或假两性畸形都可能导致阴蒂肥大。真两性畸形是体内同时存在睾丸和卵巢两种性腺组织；假两性畸形又分为男性假两性畸形和女性假两性畸形，女性假两性畸形患者由于雄激素作用，会出现阴蒂肥大等类似男性外生殖器的表现。其他妇科疾病： 某些罕见的妇科疾病也可能间接导致阴蒂肥大。例如一些盆腔的肿瘤性病变，虽然不是直接作用于阴蒂，但由于身体整体激素环境或局部血流等因素的改变，可能会影响阴蒂的发育状态，导致阴蒂肥大。