治疗慢性鼻窦炎的药物有多种，常用的包括鼻用糖皮质激素，比如布地奈德鼻喷雾剂等，一般使用1-2周左右能有效减轻鼻腔炎症。
鼻用糖皮质激素药物
布地奈德鼻喷雾剂： 通过抑制炎症介质的释放，减轻鼻腔黏膜的水肿、充血等炎症反应，通常每天使用1-2次，每次每侧鼻孔1喷。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 同样属于鼻用糖皮质激素，能缓解鼻塞、流涕、打喷嚏等症状，每日1次，每次每侧鼻孔1喷，连续使用一般不超过3个月。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以调节鼻黏膜纤毛运动，促进鼻腔和鼻窦内黏液的排出，帮助改善窦口的引流，成人一般一次0.3g，一日3-4次。标准桃金娘油肠溶胶囊： 能加速黏液运转，使黏液容易排出，成人常用剂量为一次300mg，一日2-3次。
抗生素
如果慢性鼻窦炎伴有细菌感染，可能会使用抗生素。阿莫西林克拉维酸钾： 对于一些常见的引起鼻窦炎的细菌有较好的抗菌作用，成人一般每次0.375-0.75g，每8小时或12小时服用一次，具体剂量需根据病情由医生决定。头孢呋辛酯： 也是常用的抗生素，成人一般每次0.25g，一日2次，严重感染时可增至每次0.5g，一日2次。但使用抗生素需要严格遵医嘱，避免滥用导致耐药。
抗组胺药
如果慢性鼻窦炎伴有过敏因素，抗组胺药也可能会用到。氯雷他定片： 可以缓解过敏性鼻炎相关的症状，包括因鼻窦炎伴随的鼻痒、打喷嚏、流涕等，成人及12岁以上儿童一日1次，一次10mg。盐酸西替利嗪片： 适用于成人和6岁以上儿童，成人一次10mg，一日1次，若对本药过敏则禁用。