新型冠状病毒肺炎的确诊主要依靠病原学及血清学检查等。一般来说，医生会综合患者的流行病学史、临床表现和实验室检查结果等来进行确诊。
流行病学史调查
发病前14天内：有疫情高发地区的旅行史或居住史，或者曾接触过来自疫情高发地区的发热伴有呼吸道症状的患者。比如，如果患者在14天内到过有大量新冠病毒传播的地区，就需要高度警惕。聚集性发病：14天内与同一社区、单位、家庭中出现2例及以上有发热、呼吸道症状的病例，这也是重要的流行病学依据。
临床表现观察
常见症状：患者可能出现发热，多为中低热，部分患者也可表现为高热；还会有干咳、乏力等症状，少数患者伴有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹泻等症状。随着病情发展，部分患者会出现呼吸困难等表现。重症表现：重型、危重型患者病程中可为中低热，甚至无明显发热。有些重症患者会快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等。
实验室及影像学检查
核酸检测：采用实时荧光RT - PCR方法在鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中检测新型冠状病毒核酸。一般来说，核酸检测阳性可作为病原学确诊的重要依据。基因测序：对病毒核酸进行基因测序，若与已知的新型冠状病毒高度同源，也可确诊。胸部影像学：早期呈现多发小斑片影及间质改变，以肺外带明显。进而发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影，严重者可出现肺实变，胸腔积液少见。通过影像学表现可以辅助诊断，但不能单独依据影像学确诊，还需结合其他检查。血清学检查：新型冠状病毒特异性IgM抗体多在发病3 - 5天后开始出现阳性，IgG抗体滴度恢复期较急性期有4倍及以上增高，可作为辅助诊断指标。