精子畸形99%意味着畸形率极高，情况相当严重，需要在医生指导下借助药物加以调理，同时也要注重饮食结构的调整。精子畸形率99%表明患者患有畸形精子症，其形成原因可能包括内分泌疾病、遗传性疾病、精索静脉曲张、大量吸烟、处于高温环境、受到辐射、接触化学物质、生殖道感染等。
一、调整不良生活习惯。首先要做到这一点，然后再就医进行针对性治疗。
二、饮食结构调整。在日常生活中，要注意调整饮食结构，适当食用蛋白质含量高的食物，比如鱼类、肉类、蛋类、奶类等，同时还应多吃新鲜的水果和蔬菜。
三、药物治疗。除了注重饮食结构调整外，还需在医生指导下通过药物进行治疗，可建议服用生精胶囊、五子衍宗丸、维生素E等药物进行调节。由于导致精子畸形的原因各异，所以治疗方法也存在差别。故而当出现精子畸形率高的情况时，建议患者严格遵循医嘱进行系统性治疗。
总之，精子畸形率达99%是很严重的情况，要从生活习惯调整、饮食改善以及药物治疗等多方面着手来改善，并且要根据具体病因选择合适的治疗方法，患者应严格按照医嘱进行全面治疗。