枕大神经痛通常是由多种原因引起的，比如颈部外伤，约有15% - 20%的枕大神经痛患者是因为颈部受到过撞击、扭伤等外伤，导致神经受损引发疼痛；颈椎病变也是常见原因，像颈椎病患者，由于颈椎骨质增生、椎间盘突出等，可能会压迫枕大神经，据统计，约30%的颈椎病患者会合并枕大神经痛。
颈部病变相关因素
颈椎骨质增生： 随着年龄增长，颈椎会发生退行性改变，骨质增生是常见现象。当增生的骨质刺激到枕大神经时，就容易引发疼痛。一般50岁以上人群颈椎骨质增生的发生率较高，相应的枕大神经痛风险也会增加。颈椎间盘突出： 颈椎间盘的髓核突出，会压迫周围的神经组织，包括枕大神经。长期低头工作、伏案学习的人群，比如每天低头超过4小时的办公室职员、学生等，颈椎间盘突出的几率增大，枕大神经痛的发病风险也随之升高。
局部炎症影响
肌肉炎症： 颈部的肌肉如果发生炎症，比如因长时间保持不良姿势，导致斜方肌等颈部肌肉发炎，炎症可能会波及枕大神经，引起疼痛。长时间低头看手机、电脑的人，颈部肌肉容易疲劳进而发炎，增加枕大神经痛的发生可能。周围组织炎症： 头部、颈部周围的组织发生炎症，也可能影响枕大神经。例如中耳炎、枕部软组织感染等，炎症蔓延可能刺激枕大神经，导致疼痛出现。比如患有慢性中耳炎的患者，就有一定概率并发枕大神经痛。
病毒感染因素
带状疱疹病毒感染： 当人体免疫力下降时，带状疱疹病毒可能侵犯枕大神经。在带状疱疹发病前，部分患者会先出现枕大神经痛的症状，之后才会出现疱疹。有研究表明，约10% - 15%的带状疱疹患者首发症状是枕大神经痛。其他病毒感染： 像流感病毒等感染后，也可能引发神经的炎症反应，间接影响枕大神经，导致疼痛发生。在流感高发季节，机体免疫力较弱的人群更容易受到病毒感染影响，进而出现枕大神经痛相关症状。