肛周湿疹的药物治疗需根据具体情况选择，一般常用的药物有糖皮质激素类药物、钙调磷酸酶抑制剂等。通常可以通过外用药物来缓解症状，比如氢化可的松乳膏等糖皮质激素类药物，能起到抗炎、止痒的作用，但连续使用一般不超过2~3周。
外用糖皮质激素类药物：
弱效糖皮质激素： 如氢化可的松乳膏，适用于肛周皮肤较薄嫩的部位，像婴幼儿肛周湿疹可考虑使用，它能减轻炎症反应，缓解瘙痒症状，但要注意避免长期大面积使用。中效糖皮质激素： 例如糠酸莫米松乳膏，抗炎止痒效果较好，可用于成人肛周湿疹，但使用时也需注意疗程，一般连续使用不宜超过4周。
钙调磷酸酶抑制剂：
他克莫司软膏： 属于钙调磷酸酶抑制剂，适用于成人肛周湿疹，尤其适合面部、颈部等皮肤薄嫩部位以外的肛周部位，它可以调节局部免疫反应，且不会引起皮肤萎缩等不良反应，但刚开始使用时可能会有短暂的灼热感，一般能逐渐适应。吡美莫司乳膏： 同样是钙调磷酸酶抑制剂，用于无免疫受损的2岁及2岁以上轻度至中度异位性皮炎（包括肛周湿疹相关情况）患者，能缓解瘙痒等症状，也需注意使用初期可能出现的局部刺激反应。
抗组胺药物：
口服抗组胺药： 对于瘙痒剧烈的肛周湿疹患者，可口服抗组胺药物，如氯雷他定片，一般每天服用1次，能起到抗过敏、止痒的作用，可缓解因肛周湿疹引起的瘙痒症状，让患者感觉舒适些，但服用后可能会有嗜睡等不良反应，用药期间应避免驾驶车辆或操作机械等。外用抗组胺药： 目前也有一些含有抗组胺成分的外用制剂，不过相对口服的应用稍少一些，但也能在一定程度上缓解肛周湿疹的瘙痒等症状。