肛周湿疹常用的药物主要有糖皮质激素类药物、钙调磷酸酶抑制剂等。一般来说，根据病情选择合适的药物才能取得较好效果。
外用糖皮质激素类药物
弱效糖皮质激素： 如氢化可的松乳膏，适用于轻度肛周湿疹，能减轻炎症、瘙痒等症状。它通过抑制炎症细胞的活化和介质释放来发挥作用，一般连续使用不超过2周。中效糖皮质激素： 像糠酸莫米松乳膏，对于中度肛周湿疹有较好的疗效。可缓解湿疹引起的红斑、丘疹、瘙痒等表现，但长期使用可能会有皮肤萎缩等风险，连续使用不宜超过4周。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 属于钙调磷酸酶抑制剂，适用于不宜使用糖皮质激素的部位，如肛周皮肤较薄嫩处。它通过抑制T细胞活化来发挥作用，对于肛周湿疹有一定的治疗效果，使用时可能会有局部灼热感等不适，但一般能耐受。吡美莫司乳膏： 同样是钙调磷酸酶抑制剂，也可用于肛周湿疹的治疗，尤其适合儿童和面部等皮肤敏感部位的肛周湿疹患者，使用过程中需注意观察局部反应。
抗组胺药物
口服抗组胺药： 对于瘙痒症状明显的肛周湿疹患者，可使用氯雷他定片。它能竞争性阻断组胺H₁受体，缓解瘙痒，一般每天服用1次，成年人常用剂量为10mg，但孕妇及哺乳期妇女需慎用。外用抗组胺药： 部分复方制剂中可能含有抗组胺成分，起到辅助止痒作用，但相对口服药物来说应用较少，主要还是以口服抗组胺药来控制瘙痒为主。
收敛止痒药物
氧化锌软膏： 具有收敛、保护皮肤的作用，可用于肛周湿疹的辅助治疗。能减轻渗出，缓解瘙痒，对皮肤刺激性较小，可在清洁肛周皮肤后适量涂抹。复方樟脑乳膏： 含有樟脑等成分，有止痒、消肿的作用，对于肛周湿疹引起的瘙痒等不适有一定的缓解作用，但皮肤破损处不宜使用。