地图舌的发生原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约有10%~30%的地图舌患儿有家族史。另外，免疫因素也可能参与其中，当机体免疫力发生变化时，容易出现地图舌。还有，一些全身性疾病也可能与之相关，比如贫血、胃肠功能紊乱等。
遗传因素方面：
遗传倾向存在： 研究发现，如果家族中有成员患有地图舌，那么其他家庭成员患地图舌的概率相对会高一些。比如父母一方有地图舌，子女患地图舌的可能性大约在10% - 30%左右。这种遗传倾向是由基因等遗传物质决定的，但具体的遗传机制还在进一步研究中。
免疫因素方面：
免疫力变化影响： 当人体的免疫系统出现波动时，容易引发地图舌。例如，儿童在生长发育阶段，免疫系统还不完善，相对更容易出现免疫相关的口腔黏膜问题，包括地图舌。还有，当人处于疲劳、压力大等状态时，免疫力可能会下降，也可能导致地图舌的发生或加重。
全身性疾病相关：
贫血与地图舌： 患有贫血的人群，尤其是缺铁性贫血患者，比较容易出现地图舌。因为贫血会影响身体的营养供应和代谢等功能，进而影响口腔黏膜的状态。一般来说，通过纠正贫血，地图舌的状况可能会有所改善。胃肠功能紊乱与地图舌： 胃肠功能紊乱的人，比如存在消化不良、便秘等情况时，也可能出现地图舌。这是因为胃肠功能紊乱会影响营养物质的吸收，使得口腔黏膜的营养供应出现问题，从而引发地图舌。例如，长期饮食不规律，经常暴饮暴食的人，胃肠功能容易紊乱，进而增加地图舌的发生风险。