脑干损伤难以完全治愈，但及时治疗可获较好预后。因为脑干受损会累及神经细胞，而神经细胞一旦受损破坏就难以完全恢复。临床上通常依据预后情况来评判患者的治疗效果，且多受治疗时机、术后护理等因素影响。
一、预后较好：如果脑干受损程度相对较轻，且能及时送医确诊，接受药物、手术等治疗，顺利度过急性期，那么很有可能苏醒并脱离危险，一般能正常生活。不过这种情况下，患者的肢体活动可能仍不太便利，需要进行功能锻炼，平时要注意多翻身拍背、保持导尿管清洁等，以防引发术后并发症。
二、预后较差：倘若脑干损伤波及的脑组织面积较大，受损神经较多、受损部位关键，或者未能及时得到医治而错过最佳抢救时间，那么很可能一直昏迷不醒。在此种情况下，如果不注重术后护理，就可能诱发压疮、感染等问题，致使预后更差。
此外，如果合并有颅内血肿，应及时进行手术清除血肿；如果合并有脑水肿、脑肿胀，应遵医嘱使用抗脑水肿、营养神经的药物，如甘油果糖、维生素B1等，以控制病情发展。
总之，脑干损伤的预后情况较为复杂，受多种因素影响，需要根据具体情况进行综合评估和治疗。