脑干损伤的恢复需要综合多种措施，一般来说，康复治疗周期较长，可能需要数月甚至更长时间。
康复治疗方面
康复训练： 早期可进行关节活动度训练，每天至少进行2-3次四肢大关节的被动活动，如肩关节屈伸、肘关节屈伸等，维持关节活动范围。还可以进行呼吸训练，通过腹式呼吸等方式，增强呼吸肌力量，每天训练3-4次，每次10-15分钟。高压氧治疗： 高压氧能增加血氧含量，提高脑组织的氧分压，改善脑干的缺氧状态。一般需要进行多个疗程的治疗，每个疗程通常包括每天1-2次高压氧舱治疗，持续数周。
药物辅助方面
神经营养药物： 常用的有胞磷胆碱钠，它可以促进脑细胞的代谢，改善脑功能。一般通过静脉滴注或口服给药，持续使用数周甚至数月。还有神经生长因子，能促进神经细胞的生长、发育和修复，但价格相对较高，使用时需根据患者情况评估。
日常护理方面
饮食护理： 保证患者摄入充足的营养，给予高蛋白、高维生素的饮食，如瘦肉、鱼类、新鲜蔬菜和水果等。对于吞咽困难的患者，可能需要鼻饲饮食，保证营养物质的供应，每天鼻饲的次数可根据患者情况安排，一般3-6次，每次鼻饲量约200-300毫升。预防并发症： 要注意预防肺部感染，定时为患者翻身、拍背，促进痰液排出，每天至少2-3次翻身拍背。还要预防压疮，定期检查患者皮肤，保持皮肤清洁干燥，每1-2小时为患者翻身一次。