治结膜炎的眼药水有多种，常见的如抗生素类眼药水，像氧氟沙星滴眼液，它对细菌性结膜炎有较好疗效，能抑制细菌生长繁殖。一般来说，细菌性结膜炎患者使用这类眼药水能在一定时间内缓解症状。
抗生素类眼药水
氧氟沙星滴眼液： 主要针对细菌感染引起的结膜炎，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制来发挥杀菌作用，可有效减轻眼部的红肿、疼痛等症状。妥布霉素滴眼液： 同样用于治疗细菌感染导致的结膜炎，对多种革兰氏阳性菌及阴性菌有抗菌活性，能帮助消除眼部炎症。
抗病毒类眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 适用于病毒性结膜炎，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制过程，从而对抗眼部的病毒感染，缓解因病毒引起的结膜充血、滤泡形成等情况。更昔洛韦滴眼液： 也是针对病毒性结膜炎的药物，可抑制病毒的早期蛋白合成，进而起到抗病毒的作用，帮助患者减轻眼部不适。
抗过敏类眼药水
色甘酸钠滴眼液： 用于过敏性结膜炎，能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制过敏介质如组胺等的释放，减轻眼部的瘙痒、红肿等过敏症状。一般在接触过敏原前使用，可起到预防作用。富马酸依美斯汀滴眼液： 同样用于过敏性结膜炎，起效较快，能有效缓解眼部的瘙痒、红肿等过敏反应，它通过选择性地结合组胺H1受体来发挥抗过敏作用。