治结膜炎的眼药水有多种，常见的如抗生素类眼药水，像左氧氟沙星滴眼液，主要用于细菌感染引起的结膜炎，一般能在数天内缓解症状。
抗生素类眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 适用于由敏感细菌引起的细菌性结膜炎、角膜炎等。它通过抑制细菌DNA旋转酶的活性，阻止细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。但对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 对革兰阴性菌及阳性菌都有抗菌活性，可用于治疗敏感菌引起的外眼及附属器的局部感染。使用时要注意，长期应用可能导致耐药菌过度生长，甚至引起真菌感染。
抗病毒类眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 主要用于治疗单纯疱疹病毒性角膜炎。它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。孕妇、哺乳期妇女慎用，儿童使用需在医生指导下进行。更昔洛韦滴眼液： 适用于免疫损伤引起的巨细胞病毒性角膜炎。使用过程中可能会出现一过性的眼部刺激症状，如烧灼感、刺痛等。
抗过敏类眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 用于暂时缓解过敏性结膜炎的体征和症状。一般来说，不良反应较少，偶尔可能会出现头痛等不适。色甘酸钠滴眼液： 可以预防春季过敏性结膜炎。它能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放过敏介质，从而发挥抗过敏作用。使用时可能会有刺痛感，在初始用药时较为明显。
人工泪液类眼药水
玻璃酸钠滴眼液： 可用于干燥综合征、斯-约二氏综合征等疾患引起的角结膜上皮损伤，也可用于减轻眼部干燥引起的灼热、刺激感等不适。它能在眼表形成一层保湿的保护膜，补充眼表水分。一般来说，副作用较少，但个别患者可能会出现过敏反应。聚乙烯醇滴眼液： 适用于缓解眼部干燥或因暴露于阳光或风沙所引起的眼部烧灼、刺痛等不适症状，为眼部提供长期的润滑作用。使用时要注意，瓶口不要接触手和眼睛，避免污染药液。