新生儿益生菌最好在吃奶后半小时到一小时之间吃，此时胃酸分泌较少，有利于益生菌顺利到达肠道定植。以下是几点原因：
1.胃酸影响：新生儿的胃酸分泌较少，PH值较高，有利于益生菌的存活和定植。如果在吃奶前或吃奶时服用益生菌，益生菌可能会被胃酸杀死，从而影响其效果。
2.吃奶后：吃奶后，宝宝的胃内有食物，可以中和胃酸，使胃酸浓度降低，有利于益生菌的定植和生长。
3.时间间隔：吃奶后半小时到一小时之间，宝宝的胃内食物已经开始消化，胃酸分泌也相对较少，此时服用益生菌可以避免与胃酸发生反应，同时也有利于益生菌在肠道内定植和生长。
需要注意的是，不同品牌的益生菌可能有不同的服用要求，具体服用时间可以根据产品说明书或医生的建议进行调整。同时，益生菌并不能替代药物，如果宝宝出现健康问题，应及时就医。