一般来说，40天的宝宝若有轻微咳嗽，可通过不同方式来处理。要留意宝宝有无发热等异常状况，有则需药物治疗，必要时还应就医。具体如下：
一、一般治疗：若咳嗽症状较轻，且宝宝精神状态佳、食欲正常，一段时间后可能自愈。在此期间，要多让宝宝喝些温开水，这有助于缓解其喉咙不适。
二、药物治疗：若咳嗽是由感冒引起且伴有发热症状，建议在医生指导下服用小儿止咳糖浆、乙酰半胱氨酸颗粒、布洛芬颗粒等药物进行治疗，以帮助缓解咳嗽症状。
三、就医治疗：为明确原因，建议家长带宝宝到正规医院做检查，以便进行针对性治疗。同时，建议先给宝宝选择合适的睡姿，多让其喝白开水，注意保暖避免受寒，保证充足睡眠和水分摄入，平时给宝宝吃一些清淡食物。
总之，对于40天宝宝的轻微咳嗽要根据具体情况选择合适的处理方式，密切关注宝宝状态，必要时及时采取相应措施。