新生儿脑部核磁共振对新生儿身体健康无影响。具体如下：
一、脑部磁共振无电离辐射，对人体影响极小。
二、通常脑部存在体质性病变时会做头部核磁共振检查。这是一种影像学检查，临床应用广泛。它能通过核磁信号变化显示检查部位情况，医生借此判断正常及异常。如可检查出脑水肿、脑出血、脑梗塞、脑内肿瘤、脑内血管畸形等，尤其对脑部出血和脑梗死早期病灶有很好分辨作用。且对于一些脑血管病患者，若发病时间短，CT无法查出病灶，核磁共振可避免，其能显示超早期梗死灶和颅内大血管影像，还可对颅脑内炎性病变及微性病变做初步判断。
三、需注意的是，因脑部核磁共振检查时间略长，可能需对宝宝进行镇静后检查。
总之，新生儿做脑部核磁共振是安全的，且在诊断脑部病变方面有重要作用，但检查时要根据具体情况进行相应安排。