灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来治疗。比如外用抗真菌药物是常见的方法之一，像阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用有一定效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 也属于外用抗真菌药，能渗入真菌细胞膜，改变细胞膜的完整性，从而影响真菌的代谢。涂抹在病甲周围的皮肤上，要注意涂抹均匀，坚持使用对改善灰指甲有帮助。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种口服的抗真菌药物，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌麦角固醇的合成，达到抗真菌的目的。一般采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，需要根据病情使用多个疗程。不过服用伊曲康唑期间要定期检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 同样是口服抗真菌药，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，从而抑制真菌细胞膜的合成。一般每天服用一次，连续服用数月，具体疗程要根据灰指甲的严重程度来定，服药期间也要关注身体的不良反应。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。先局部麻醉，然后将病甲拔除，不过拔甲后要注意伤口的护理，防止感染，而且新长出来的指甲也有再次感染真菌的可能。一般拔甲后需要配合外用或口服抗真菌药物来巩固治疗。激光治疗： 利用激光的光热效应来破坏真菌。激光治疗相对痛苦较小，但是可能需要多次治疗才能达到较好的效果，而且费用相对较高。