软疣主要通过局部治疗来改善，一般采用物理治疗或外用药物等方式。例如，夹除软疣小体是比较常用的方法，通常在医院由医生操作，大概几分钟就能完成一个部位的处理。
物理治疗方法
镊子夹除： 医生会用消毒后的镊子将软疣小体逐个夹除，这个过程可能会有轻微的痛感，但一般能很快完成。夹除后局部要注意消毒，防止感染。冷冻治疗： 利用低温使软疣组织坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，通常需要1 - 2周左右能看到明显效果，冷冻治疗可能需要多次进行才能完全去除软疣。激光治疗： 通过激光的热能破坏软疣组织。激光治疗相对来说创面较小，恢复时间也相对较短，但术后要保持局部清洁干燥，避免沾水，防止感染。
外用药物治疗
水杨酸： 水杨酸可以使软疣组织角质松解，从而有助于软疣的消退。使用时要注意按照医生的指导涂抹，避免接触到周围正常皮肤。咪喹莫特乳膏： 它可以调节局部免疫反应，起到抗病毒的作用来治疗软疣。不过使用咪喹莫特乳膏可能会出现局部皮肤刺激症状，如红斑、脱屑等，如果出现严重不适要及时就医。
日常注意事项
避免搔抓： 软疣患者要尽量避免搔抓患处，因为搔抓可能会导致软疣病毒扩散，引起更多部位出现软疣。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换衣物，尤其是贴身的衣物。在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，防止感染软疣病毒。增强免疫力： 平时要注意合理饮食，保证充足的睡眠，适当进行体育锻炼，以增强身体的免疫力，有助于软疣的恢复和预防复发。例如每天保证7 - 8小时的睡眠时间，饮食上多摄入富含维生素和蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等。