病毒性软疣主要通过局部治疗来去除疣体，一般可以在医院由医生操作。比如用镊子将软疣小体完全挤出，然后涂抹2%碘酊等进行局部消毒。通常经过规范的局部处理，多数患者能得到较好的治疗效果。
局部物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使疣体组织坏死脱落。医生会用液氮等制冷剂接触疣体，一般需要多次治疗，间隔时间大概2 - 3周，冷冻后局部可能会出现水疱、结痂等情况，要注意保持局部清洁，避免感染。激光治疗： 用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。治疗时可能会有轻微疼痛，术后要保持创面干燥，防止感染，一般1 - 2周创面可愈合。
外用药物治疗情况
斑蝥素： 是一种可以使疣体坏死脱落的药物，但使用时要注意避免接触正常皮肤，因为它有一定刺激性。一般每周涂抹2次，连续使用2周为一个疗程，使用过程中要观察皮肤反应，若出现严重刺激要停药。鬼臼毒素酊： 能抑制细胞分裂增殖，从而导致疣体坏死。不过孕妇禁用，而且使用时要避免药液接触眼、口等黏膜部位，用药后要注意局部清洁。
特殊人群的治疗注意事项
儿童患者： 儿童患病毒性软疣时，在进行局部治疗如冷冻、激光等操作时要更加谨慎，要由经验丰富的医生操作，避免造成过度损伤。在使用外用药物时，要严格按照医生指导，因为儿童皮肤娇嫩，药物刺激可能更大。孕妇患者： 孕妇患病毒性软疣一般不建议首先选择有刺激性的外用药物或创伤性的治疗方法，通常会先采取相对温和的局部处理方式，如在严格消毒下用镊子小心夹除疣体等，要充分评估治疗对胎儿的影响。