牙齿上有小黑点的原因包括以下方面：
一、色素沉着：长期有喝浓茶、浓咖啡、可乐或吸烟等习惯，容易致使牙齿出现茶渍、烟渍、咖啡渍等情况，表现为黑斑点。这些色素斑点通常会沉积在较难清理的缝隙内，一般需要通过超声洗牙的方式来去除。
二、龋齿：
1.浅龋：牙齿表面仅有黑点，没有龋洞，牙菌斑尚未对牙釉质造成侵害，通常可以磨掉黑点后进行树脂填充，以防止浅龋发展为中龋或深龋。
2.伤及牙髓：在少数情况下，牙齿表面一个小黑点，却已经伤及牙髓甚至出现死髓牙，可能会有牙齿颜色改变，在X光片下可表现为阴影，建议进行根管治疗，治疗后可选择桩冠修复或嵌体修复。
总之，牙齿有黑点时建议及时就医，明确病因，在医生的指导下尽早进行有针对性的治疗，避免因治疗不及时而导致失去患牙。