牙上有黑点通常是由多种原因引起，比如色素沉着、龋齿等。
一、色素沉着
长期饮用咖啡、浓茶、可乐等深色饮品，或者吸烟等，会使色素在牙齿表面沉积，形成黑点。这是因为这些饮品和烟雾中的色素会附着在牙齿的沟窝、裂隙等部位，时间久了就会显现为黑点。一般来说，这种情况对牙齿本身的硬组织损害相对较小，但会影响牙齿美观。
二、龋齿
细菌感染是导致龋齿出现黑点的主要原因。口腔中的致龋菌会利用食物中的糖分产生酸性物质，这些酸性物质逐渐腐蚀牙齿硬组织，使牙齿脱矿，进而形成龋洞，龋洞处会呈现出黑点。龋齿如果不及时处理，病变会继续发展，可能会引起牙痛、牙齿缺损等问题，尤其在儿童和喜欢吃甜食的人群中较为常见。
三、牙菌斑
牙菌斑是一种不断在牙齿表面形成的细菌性生物膜，如果长时间不清理，牙菌斑中的细菌会代谢产生一些物质，可能导致牙齿表面出现黑点样改变。牙菌斑的形成与口腔卫生状况密切相关，比如刷牙不彻底、次数不够等情况容易导致牙菌斑堆积。
四、氟斑牙
如果在牙齿发育矿化时期，长期饮用含氟量过高的水，可能会引起氟斑牙，牙齿表面会出现白垩色、黄褐色等改变，看起来也可能像黑点。氟斑牙的发生与地区的饮水氟含量有关，在一些高氟地区较为常见。