口腔黏膜疾病的治疗方法需根据具体病症来定。比如复发性阿弗他溃疡，一般7~10天可自愈，局部可使用氯己定含漱液，能起到杀菌消炎作用，促进愈合。
局部药物治疗
含漱剂：像氯己定含漱液，浓度通常是0.12%~0.2%，能抑制口腔内细菌生长，减轻炎症。如果是口腔溃疡，还可以用西吡氯铵含漱液，它能清洁口腔，减少局部细菌数量。散剂：冰硼散常用于治疗口腔黏膜溃疡，有清热解毒、消肿止痛的作用。锡类散也可用于口腔溃疡，能去腐生肌，促进创面愈合。
全身药物治疗
维生素类：对于因维生素缺乏引起的口腔黏膜疾病，可补充维生素B族。比如维生素B2缺乏可能导致口角炎等，一般每日补充维生素B2的量在5~10毫克左右，能帮助黏膜修复。如果是维生素C缺乏相关的口腔黏膜问题，可适当补充维生素C，每日建议摄入量成人一般是100毫克左右，增强机体抵抗力，利于黏膜恢复。免疫调节药：如果是免疫功能紊乱导致的口腔黏膜疾病，像白塞病等，可能会用到转移因子等免疫调节药物。转移因子能调节机体免疫功能，但儿童使用时需在医生指导下，根据体重等情况来使用。
物理治疗
激光治疗：对于一些口腔黏膜良性增生性病变，可采用激光治疗。比如口腔黏膜白斑，用二氧化碳激光照射，能使病变组织凝固、碳化，促进恢复，但治疗后要注意保持口腔清洁，避免感染，一般治疗间隔时间需根据病情由医生确定。微波治疗：微波治疗可用于口腔黏膜炎症性疾病，能改善局部血液循环，减轻炎症反应。治疗时要控制好微波的功率和时间，一般每次治疗时间在5~10分钟，治疗后要观察口腔黏膜反应，如有不适及时复诊。