口腔黏膜疾病的治疗方法需根据具体病症来定。比如复发性阿弗他溃疡，一般7 - 10天可自愈，但疼痛明显时可局部使用西瓜霜喷剂等缓解症状。
局部用药治疗
消炎类药物： 常用的有含漱剂，像氯己定含漱液，它能抑制口腔内细菌生长，减轻炎症。对于疱疹性口炎等病毒感染引起的口腔黏膜疾病，可局部涂抹阿昔洛韦软膏，起到抗病毒的作用。止痛类药物： 当口腔黏膜疾病导致疼痛剧烈时，可使用利多卡因凝胶，它能快速起到局部麻醉止痛的效果，但不能长期频繁使用。还有苯佐卡因凝胶，也可缓解疼痛症状。
全身用药治疗
维生素类： 对于因缺乏维生素引起的口腔黏膜疾病，如维生素B2缺乏导致的口角炎等，可补充维生素B2。一般成人每天补充量在5 - 10毫克左右。如果是严重的维生素缺乏引发的口腔黏膜病变，可能需要加大剂量或通过注射等方式补充。免疫调节类药物： 对于自身免疫性口腔黏膜疾病，如天疱疮等，可能会使用糖皮质激素，如泼尼松等。但糖皮质激素使用需谨慎，要根据病情严格控制剂量和疗程，因为长期使用可能会有副作用，像导致骨质疏松、免疫力下降等。还有一些免疫抑制剂，如环磷酰胺等，也会用于病情较重的自身免疫性口腔黏膜疾病的治疗，但这类药物副作用相对较大，使用时需密切监测血常规等指标。
物理治疗
激光治疗： 对于一些口腔黏膜的良性增生性病变，如口腔黏膜白斑等，可采用激光治疗。激光能去除病变组织，同时对周围正常组织损伤较小。治疗后要注意保持口腔清洁，避免感染，一般治疗后1 - 2周创面可逐渐愈合。冷冻治疗： 适用于口腔黏膜的小的良性赘生物等。通过低温使病变组织坏死脱落。冷冻治疗后局部可能会出现肿胀、疼痛等反应，一般1 - 2周可恢复，治疗后要注意口腔卫生，防止继发感染。