甲硝锉是常用的抗厌氧菌与抗原虫药物，一般可以通过口服或外用的方式使用。比如治疗滴虫性阴道炎时，可口服甲硝锉，一次0.2g，一日4次，连服7日；而治疗厌氧菌感染引起的局部炎症，像牙周炎等，可将甲硝锉制成含漱液，一次10-20ml，一日3-4次含漱。
口服甲硝锉的情况
用于肠道阿米巴病：对于肠道阿米巴病患者，成人常用量是一次0.4-0.6g，一日3次，疗程7日；儿童剂量需要按照体重计算，一般每日按体重35-50mg/kg，分3次服。用于贾第虫病：成人一次0.4g，一日3次，疗程5-10日；儿童每日按体重15-25mg/kg，分3次服。
外用甲硝锉的情况
治疗滴虫性阴道炎：可将甲硝锉制成阴道泡腾片，每晚睡前清洗外阴后，将1片放入阴道深部，连用7日。治疗厌氧菌感染的局部炎症：如皮肤软组织感染等引起的局部炎症，可将甲硝锉制成凝胶剂，局部涂抹，一日2-3次。
特殊人群使用注意事项
孕妇及哺乳期妇女：孕妇及哺乳期妇女禁用甲硝锉。因为甲硝锉可透过胎盘，也可分泌入乳汁，可能会对胎儿和婴儿产生不良影响。老年人：老年人由于肝功能减退，应用甲硝锉时药代动力学有所改变，需监测血药浓度，并且适当调整剂量。
用药期间的禁忌
饮酒禁忌：用药期间以及停药后3日内禁止饮酒。因为甲硝锉可干扰酒精的代谢，引起体内乙醛蓄积，导致双硫仑样反应，出现腹部痉挛、恶心、呕吐、头痛、面部潮红等症状。避免与某些药物同用：甲硝锉与华法林等抗凝药同用时，可增强华法林的抗凝作用，导致凝血酶原时间延长，所以需避免同时使用；与苯妥英钠、苯巴比妥等肝药酶诱导剂同用时，可加快甲硝锉代谢，降低其血药浓度，应注意调整剂量。