疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，一般可以使用对症治疗的药物来缓解症状。比如体温超过38.5℃时，可使用对乙酰氨基酚等退烧药来降温，一般用药后0.5~1小时左右开始起效。
抗病毒药物相关情况
目前对于疱疹性咽峡炎的抗病毒治疗，常用的有干扰素α等。干扰素α具有广谱抗病毒活性，能抑制病毒复制，但使用时需注意其可能存在的局部刺激等不良反应。不过，多数疱疹性咽峡炎是自限性疾病，一般不需要长期使用抗病毒药物。
对症治疗药物
退热药物：
当患儿体温较高时，像对乙酰氨基酚适用于2个月以上的儿童，通过抑制前列腺素合成来发挥退热作用；布洛芬适用于6个月以上的儿童，同样是通过抑制炎症介质来达到退热效果。使用这类药物时要严格按照年龄对应的剂量来使用，避免过量。
缓解咽痛药物：
如果患儿咽痛明显，可以使用含漱液，比如淡盐水，但要注意儿童使用时需有人监护，防止误咽。还可以使用一些喷雾制剂，不过要选择适合儿童的、刺激性小的产品，其能在一定程度上减轻咽部不适，但使用时也要注意正确的使用方法。
护理相关注意事项
在药物治疗的同时，要注意让患儿多休息，保证充足的睡眠，一般建议年龄较小的患儿每天睡眠时长在12~14小时左右。还要让患儿多喝水，每天饮水量最好能达到1000~1500毫升，以保持口腔和咽喉部的湿润，有助于缓解不适。饮食上要给患儿提供清淡、易消化的食物，避免食用辛辣、刺激性强的食物，以免加重咽部疼痛。