月经干净三天后又有咖啡色的来，可能是以下几种情况导致的。一般来说，这种情况可能与内分泌失调、妇科疾病等有关。
一、内分泌失调因素
排卵期出血： 通常发生在两次月经中间，也就是下次月经前14天左右，一般持续2 - 3天，最长不超过7天。出血量较少，有时表现为咖啡色分泌物。这是因为排卵后雌激素水平短暂下降，子宫内膜失去激素支持而出现部分脱落导致的。黄体功能不足： 黄体是排卵后形成的，它可以分泌孕激素。如果黄体功能不足，孕激素分泌不足，就会使得子宫内膜分泌反应不良和黄体期缩短。一般表现为月经周期缩短，月经干净后不久又出现少量咖啡色分泌物。
二、妇科疾病因素
宫颈炎： 宫颈受到炎症刺激，宫颈黏膜充血、水肿，容易出现少量出血。血液在阴道内停留时间较长，就会变成咖啡色分泌物排出。患者可能还伴有白带增多、性交后出血等症状。子宫内膜炎： 子宫内膜发生炎症时，局部血管通透性增加，可能会有少量出血。除了月经干净后又有咖啡色分泌物外，还可能出现下腹痛、白带增多且有异味等情况，一般持续时间较长，可能会超过7天。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫收缩，导致子宫内膜面积相对增大，血管破裂出血。患者可能出现月经周期缩短、经期延长、经量增多，也可能在月经干净后又有少量咖啡色分泌物排出，还可能伴有下腹坠胀、腰酸背痛等症状。
三、其他因素
宫内节育器影响： 有些女性放置宫内节育器后，可能会出现月经紊乱的情况，表现为月经干净后又有少量咖啡色分泌物。一般在放置节育器后的3 - 6个月内可能会出现这种适应过程，部分女性适应后症状会缓解，但如果长期不缓解，可能需要考虑更换节育器或采取其他避孕措施。生活方式因素： 长期精神紧张、压力过大、过度劳累等，也可能影响内分泌，导致月经干净后又有咖啡色分泌物出现。比如长期熬夜的女性，内分泌失调的概率相对较高，就容易出现这种情况。