强直性脊柱炎可能引发多种并发症，其中眼部并发症较为常见，约25%的强直性脊柱炎患者会出现葡萄膜炎或虹膜炎，一般在患病的前几年就可能发生。
眼部并发症：
前葡萄膜炎/虹膜炎： 这是比较常见的眼部问题，主要表现为眼睛红肿、疼痛、畏光、视力下降等。通常是单侧眼睛先发病，然后可能双侧交替出现。慢性葡萄膜炎： 相对前两种情况发病较为隐匿，病情容易反复发作，若不及时控制，可能会导致视力逐渐下降，严重时甚至可能失明。
肺部并发症：
肺上叶纤维化： 随着病情进展，部分强直性脊柱炎患者会出现肺上叶纤维化，一般在患病10年以上的患者中较为多见。患者可能会有咳嗽、气短等症状，严重影响呼吸功能。肺大疱： 由于肺部受到炎症影响，可能会形成肺大疱，肺大疱破裂时可能会引发气胸，出现突发的胸痛、呼吸困难等症状。
骨骼肌肉并发症：
脊柱骨折： 强直性脊柱炎会使脊柱韧带钙化、骨质脆弱，容易发生脊柱骨折，即使轻微的外伤也可能导致骨折，患者会出现背部剧烈疼痛、活动受限等情况。髋关节病变： 约有1/4的强直性脊柱炎患者会出现髋关节受累，表现为髋关节疼痛、僵硬、活动受限，严重影响行走和日常活动，随着病情发展可能导致髋关节畸形、功能丧失。
心血管并发症：
主动脉瓣病变： 少数强直性脊柱炎患者会出现主动脉瓣病变，如主动脉瓣关闭不全等，早期可能没有明显症状，随着病情进展可能会出现心悸、气短、乏力等症状，严重时会影响心脏功能。心脏传导阻滞： 也有部分患者会出现心脏传导阻滞，导致心率失常等问题，需要通过心电图等检查来发现异常。