肠系膜淋巴结炎多由病毒感染引起，一般不需要使用抗生素治疗，若合并细菌感染，可能会用到抗生素等药物。通常可以使用对症治疗的药物，比如有发热症状时，体温超过38.5℃可使用布洛芬等退烧药来退热。
常用对症药物
退烧药：如果孩子因肠系膜淋巴结炎出现发热，体温在38.5℃以上时，可使用对乙酰氨基酚来退热，它适用于3个月以上的儿童等人群；布洛芬也是常用的退烧药，6个月以上的孩子可以使用。缓解腹痛药物：当孩子有腹痛症状时，可使用山莨菪碱等药物来缓解平滑肌痉挛引起的腹痛，但需在医生指导下使用，2岁以下儿童要谨慎。
合并细菌感染时的用药
抗生素选择：如果肠系膜淋巴结炎合并细菌感染，可能会用到抗生素，比如头孢类抗生素，像头孢克肟等。不过抗生素的使用必须由医生根据病情判断后开具，不能自行随意使用。医生会根据孩子的年龄、感染情况等选择合适的头孢类药物，一般会根据感染的严重程度来决定是口服还是静脉给药。
特殊人群用药注意
儿童用药：儿童使用药物时需格外谨慎，比如退烧药对乙酰氨基酚，1-3岁儿童一次用量约1-1.5毫升，要严格按照体重等计算用量；对于6个月 - 3岁的孩子，布洛芬每次每公斤体重5-10毫克，需要准确计算剂量。而且儿童使用抗生素时，要根据年龄和体重调整剂量，并且要密切观察用药后的反应。孕妇及哺乳期女性：如果是孕妇或哺乳期女性发生肠系膜淋巴结炎，用药需要特别谨慎。一般退烧药对乙酰氨基酚在医生评估后可以谨慎使用，而抗生素的选择要充分考虑对胎儿或婴儿的影响，需由医生权衡利弊后决定是否用药以及用何种药物。