补骨脂可能带来一些副作用，比如在皮肤方面，有研究发现部分人使用含补骨脂的外用药后，可能出现皮肤刺激症状，像局部发红、瘙痒等情况。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适： 个别患者服用补骨脂后可能出现恶心、呕吐的症状。一般来说，这种情况可能在用药初期较为明显，但具体发生概率目前尚无精准统计数据，不过有相关临床观察发现有一定比例的人会出现此类反应。食欲变化： 少数人服用补骨脂后会出现食欲减退的情况，原本正常的饮食量会有所下降，影响营养摄入。
心血管系统相关副作用
血压波动： 有研究显示，部分人长期或大量服用补骨脂后，可能出现血压轻度升高的现象。虽然不是所有人都会出现，但对于本身有高血压基础疾病的人来说，需要密切监测血压变化，因为补骨脂可能会对血压产生一定影响。心率改变： 个别情况下，服用补骨脂后可能会出现心率稍微加快的情况，但通常这种改变在停药后会逐渐恢复正常。
过敏反应方面的表现
皮肤过敏表现： 除了前面提到的使用外用药可能出现的皮肤刺激外，口服补骨脂也可能引发过敏，表现为全身皮肤出现皮疹，皮疹可呈红斑样、丘疹样等不同形态，伴有不同程度的瘙痒。严重时皮疹可能融合成片，影响患者的生活质量。呼吸道过敏症状： 极个别过敏体质的人服用补骨脂后还可能出现呼吸道过敏反应，如鼻塞、流涕、打喷嚏，严重时甚至可能出现呼吸困难等症状，这是比较严重的过敏情况，需要立即就医处理。