心脏官能症通常没有特定的“最好”药物，而是需要根据症状来对症用药。一般来说，对于伴有焦虑抑郁情绪的患者，可使用抗焦虑抑郁药物，如5-羟色胺再摄取抑制剂等，这类药物可能需要数周时间逐渐发挥作用。
针对焦虑症状的药物
抗焦虑药物：如果患者焦虑症状明显，常用的有丁螺环酮，它通过作用于脑内5-羟色胺受体等发挥抗焦虑作用，一般不会引起嗜睡等严重不良反应，但起效相对较慢，可能需要1~2周才能看到较明显效果。苯二氮䓬类药物：像阿普唑仑也可用于缓解心脏官能症患者的焦虑，它能快速发挥镇静、抗焦虑作用，但这类药物长期使用可能会有依赖性，所以通常短期使用，比如短期用于急性焦虑发作时的缓解。
针对抑郁症状的药物
选择性5-羟色胺再摄取抑制剂：例如帕罗西汀，它可以增加突触间隙中5-羟色胺的浓度，改善抑郁情绪。一般开始服用时剂量较低，然后根据患者的耐受情况逐渐调整剂量，通常需要连续服用数周后才能观察到抑郁症状的改善情况。5-羟色胺和去甲肾上腺素再摄取抑制剂：度洛西汀也是常用药物之一，它能同时作用于5-羟色胺和去甲肾上腺素系统来改善抑郁状态，在使用过程中需要监测血压等指标，因为可能会有轻度的血压升高风险，一般需要几周时间来评估药物对抑郁症状的缓解效果。
针对自主神经功能紊乱的药物
β受体阻滞剂：部分心脏官能症患者会有心慌等交感神经兴奋的表现，这时候可以使用美托洛尔，它能阻断β受体，减慢心率，缓解心慌等症状。不过对于有严重心动过缓、房室传导阻滞的患者要谨慎使用，一般从小剂量开始使用，观察患者对药物的反应情况，比如用药后心率是否控制在合适范围等。调节植物神经的药物：如维生素B1，它是参与神经代谢的重要物质，可辅助调节植物神经功能，一般可以长期服用，没有明显的毒副作用，通常作为辅助用药来帮助改善植物神经功能紊乱相关的一些症状。