心脏官能症目前并没有特定的“最有效”的单一药物，治疗多是综合调节。一般会用到调节植物神经功能的药物，比如谷维素，它能调整自主神经功能，改善精神神经失调症状，通常可以按剂量服用，多数人服用后能有一定改善。
常用调节植物神经药物
谷维素： 是从米糠油中提取的一种营养素，能调节植物神经功能，缓解心脏官能症引起的一些自主神经功能紊乱症状，一般成人一次10 - 30毫克，一日3次。维生素B1： 参与体内辅酶的形成，能维持神经、心脏及消化系统正常功能。心脏官能症患者补充维生素B1可帮助改善神经功能，通常口服剂量为一次10毫克，一日3次。
抗焦虑抑郁药物
黛力新： 适用于轻、中度焦虑 - 抑郁状态的心脏官能症患者。它是由氟哌噻吨和美利曲辛组成的复方制剂，通过调节大脑突触间隙的神经递质来发挥作用，但要注意严重肾功能不全者禁用，且不能与单胺氧化酶抑制剂同时使用。帕罗西汀： 属于选择性5 - 羟色胺再摄取抑制剂，可用于治疗心脏官能症伴发的抑郁、焦虑情绪。一般初始剂量为每日20毫克，根据患者情况可调整剂量，但肝功能不全者需慎用。
针对症状的辅助药物
β受体阻滞剂： 若患者有心跳加快等症状，可短时间使用普萘洛尔等β受体阻滞剂。普萘洛尔能阻滞β受体，减慢心率，减轻心悸等症状，但支气管哮喘患者禁用，窦性心动过缓及重度房室传导阻滞患者也不宜使用。镇静安神药物： 对于睡眠不佳的心脏官能症患者，可短期使用艾司唑仑等镇静安神药。艾司唑仑能引起中枢神经系统不同部位的抑制，发挥镇静催眠作用，但孕妇、哺乳期妇女禁用，肝肾功能损害者慎用。心脏官能症的治疗不能单纯依赖药物，还需结合心理疏导等综合治疗。同时，在用药过程中要密切关注药物不良反应，如出现不适要及时就医调整治疗方案。