右侧卵巢囊肿的成因较为多样。一般来说，生理性因素是常见原因之一，比如在月经周期中，卵泡发育成熟后未正常排卵，就可能形成黄体囊肿等生理性囊肿，这种情况通常在月经结束后可能会自行消失，有研究显示约15% - 20%的女性会出现生理性卵巢囊肿。
生理性因素导致
排卵相关： 在女性的正常排卵过程中，卵泡成熟后如果没有发生排卵，卵泡液积聚就可能形成囊肿，这种囊肿一般体积较小，直径通常不超过5厘米，而且多会在月经来潮后自行消退。黄体形成： 排卵后形成黄体，若黄体血肿液化也可能形成黄体囊肿，一般也会随着月经周期变化而有所改变。
内分泌因素影响
激素失衡： 当体内激素水平出现紊乱时，比如雌激素水平异常升高，可能会影响卵巢的正常功能，从而促使囊肿的形成。像多囊卵巢综合征患者，往往存在内分泌失调的情况，比较容易并发卵巢囊肿。促性腺激素异常： 垂体分泌的促性腺激素如果出现异常，也会干扰卵巢的正常排卵和激素分泌，增加右侧卵巢囊肿的发生风险。
炎症相关原因
盆腔炎症波及： 盆腔的炎症，如输卵管炎蔓延至卵巢，炎症刺激可能导致卵巢组织发生粘连、包裹，进而形成囊肿。例如盆腔炎性疾病急性期没有得到及时有效的治疗，就可能引发卵巢囊肿。子宫内膜异位累及： 子宫内膜异位症会使子宫内膜组织出现在卵巢部位，这些异位的内膜组织会随着月经周期出血，逐渐形成囊肿，这种囊肿通常被称为巧克力囊肿，多伴有痛经等症状。
生活方式因素
长期不良生活习惯： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式，会影响身体的内分泌调节功能，从而增加右侧卵巢囊肿的发生几率。比如长期熬夜的女性，内分泌紊乱的概率比作息规律的女性要高。饮食不均衡： 长期食用高胆固醇、高糖的食物，而蔬菜水果摄入不足，也可能对卵巢功能产生不良影响，容易诱发右侧卵巢囊肿。