三个月婴儿发烧，通常由风寒入侵、细菌感染、病毒感染等原因引起，需根据具体情况进行处理。
一、风寒入侵：若平时保暖不当，婴儿身体受风寒侵袭，易导致体温上升。处理方法如下：
1.可使用湿毛巾擦拭身体。
2.多喝水。
3.要定期到医院复查。
二、细菌感染：婴儿身体遭受细菌感染时，会使体内白细胞升高，进而出现发热现象。应对措施包括：
1.用湿毛巾擦拭手心脚心等部位。
2.遵医嘱使用阿莫西林颗粒、对乙酰氨基酚口服溶液等药物进行治疗。
三、病毒感染：婴儿若受到病毒感染，可能有鼻塞、打喷嚏等表现，同时伴有体温升高。可采取如下办法：
1.遵医嘱配合使用磷酸奥司他韦颗粒、布洛芬颗粒等药物进行治疗，以防病情加重。
此外，也可能是其他原因，如自身抵抗力较弱等。在日常生活中，家长务必做好婴儿的防护工作。总之，对于三个月婴儿发烧的情况，要明确原因后采取针对性措施，同时家长要加强对婴儿的照顾和防护。