脑积水通常是由于脑脊液的产生、循环或吸收过程出现异常导致的。比如，约有1/3的先天性脑积水是因为胎儿时期神经管发育异常，使得脑脊液循环通路受阻引起的。
先天性因素导致
先天畸形： 像脊柱裂、中脑导水管狭窄等先天畸形情况较为常见。脊柱裂会使得椎管内的结构与外界相通，影响脑脊液的正常流动；中脑导水管狭窄则直接阻碍了脑脊液从第三脑室流向第四脑室。遗传因素： 部分脑积水存在一定的遗传倾向，如果家族中有相关遗传病史，后代患病的风险可能会增加，但具体的遗传方式和机制还在进一步研究中。
后天性因素导致
颅内感染： 比如化脓性脑膜炎、结核性脑膜炎等颅内感染性疾病。炎症会导致脑脊液循环通路的蛛网膜颗粒粘连，使脑脊液吸收受阻。据统计，在一些颅内感染高发地区，约有10% - 20%的患者会继发脑积水。颅内出血： 新生儿产伤导致的颅内出血，或者是外伤引起的颅内出血，如果血液没有及时吸收，会阻塞脑脊液的循环通道。尤其是新生儿颅内出血，是引起婴幼儿脑积水的常见后天因素之一。颅内肿瘤： 颅内的肿瘤会占据颅内空间，压迫脑脊液循环通路，导致脑脊液循环受阻。例如，第三脑室、第四脑室附近的肿瘤，更容易直接影响脑脊液的正常流动。
其他因素导致
脑部外伤： 严重的脑部外伤可能会损伤脑脊液循环的相关结构，引发脑积水。头部受到撞击等外伤后，局部的脑组织损伤、出血等情况都可能干扰脑脊液的正常循环。维生素缺乏： 长期严重的维生素A缺乏也可能与脑积水的发生有一定关联。维生素A对神经系统的发育等有重要作用，缺乏时可能影响脑脊液循环相关结构的正常发育和功能。