阴茎上面长小疙瘩可能考虑以下因素：
一、阴茎珍珠疹：这通常是因生理发育变异引发的丘疹，多呈白色、肤色或淡红色，无疼痛和瘙痒感，属于良性皮肤病变，一般无需特殊治疗。
二、包皮龟头炎：这是由多种因素导致的包皮和龟头黏膜炎症性疾病。患者往往会有局部红斑、糜烂、出血，严重时可形成水疱，并有大量豆腐渣样白色分泌物。治疗上，通常可使用红霉素软膏、硝酸咪康唑软膏等药物进行局部涂抹，症状可得到改善。
三、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。患者局部会出现鸡冠样或菜花样丘疹，表面角化过度且粗糙，触摸有疼痛感。治疗上通常以抗病毒药物为主，如伐昔洛韦、阿昔洛韦等。
总之，当阴茎出现小疙瘩时，要根据具体表现来判断可能的原因，并采取相应的治疗措施。如果自己不能确定，应及时就医，以便准确诊断和治疗。