慢性淋巴细胞性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，若甲状腺功能正常，通常以随诊观察为主，每6-12个月复查甲状腺功能和甲状腺超声。
甲状腺功能正常时的处理
随诊观察重点： 定期检查很关键，每6到12个月就要复查甲状腺功能，看看甲状腺激素水平有无变化，同时还要做甲状腺超声，观察甲状腺形态等情况。要是甲状腺没有明显肿大压迫症状，就一直这样定期随访。
甲状腺功能减退时的治疗
药物补充甲状腺激素： 当出现甲状腺功能减退，也就是甲减情况时，通常需要服用左甲状腺素钠片来补充甲状腺激素。一般需要终身服药，而且服药剂量要根据甲状腺功能检查结果来调整，让甲状腺功能维持在正常范围。比如通过抽血检测促甲状腺激素（TSH）等指标，调整药物剂量。
甲状腺肿大明显有压迫症状时的治疗
考虑激素治疗： 如果甲状腺肿大明显，压迫到气管、食管等，出现呼吸困难、吞咽困难等症状，可能会短期使用糖皮质激素治疗，像泼尼松等。不过糖皮质激素使用有一定疗程和注意事项，要在医生严密监测下使用，因为长期使用可能会有副作用，比如骨质疏松等。手术治疗情况： 极少数情况下，经过评估后可能需要手术治疗，但手术治疗要非常谨慎，因为术后很可能会加重甲减，需要长期甚至终身服药。
有甲状腺癌风险时的治疗
进一步检查评估： 如果慢性淋巴细胞性甲状腺炎患者合并有甲状腺癌风险，就要进一步做细针穿刺活检等检查来明确诊断。如果确诊为甲状腺癌，就要根据具体病情按照甲状腺癌的治疗方案来处理，可能涉及手术、后续的碘 - 131治疗等，但这部分要由专科医生根据具体情况制定个性化方案。