怀孕三个月肚子两侧疼可能由以下原因导致：子宫增大刺激、盆腔炎、先兆流产。具体如下：一、子宫增大刺激随着孕期增加，子宫逐渐增大，会使子宫周围组织受到牵拉，从而出现怀孕三个月肚子两侧疼的情况，这通常属于正常现象。但若疼痛较为严重，则需及时就医。二、盆腔炎怀孕后身体抵抗力下降，容易让病菌入侵滋生，引发盆腔感染，导致盆腔组织被牵拉，进而致使怀孕三个月肚子两侧疼，同时可能伴有下坠、胀痛等症状。可遵医嘱使用妇科千金片、康妇消炎栓等药物来缓解。三、先兆流产如果孕妇在怀孕期间劳动强度过大，使身体过度劳累，可能会出现先兆流产的迹象，表现为怀孕三个月肚子两侧疼，并伴有阴道出血、腰酸背痛等症状。此时应及时就医，按照医嘱选择保胎灵胶囊、固肾安胎丸等进行保胎，同时要卧床休息，补充充足营养，禁止性生活。
总之，当怀孕三个月出现肚子两侧疼时，应尽快前往正规医院进行诊断，明确具体原因后采取相应的治疗措施。