怀孕三个月肚子两侧疼可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫两侧的圆韧带，引起肚子两侧疼。这是正常的生理现象，通常不需要特殊处理。建议多休息，避免剧烈运动和性生活。
2.先兆流产：如果肚子两侧疼同时伴有阴道流血、腰酸等症状，可能是先兆流产。需要及时就医，医生可能会建议卧床休息、使用保胎药物等。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床，常见于输卵管。宫外孕可能会导致肚子两侧疼，并伴有阴道流血、休克等症状。需要及时就医，医生会根据具体情况选择手术或药物治疗。
4.其他原因：怀孕期间，还可能因为其他原因导致肚子两侧疼，如阑尾炎、输尿管结石等。
如果怀孕三个月肚子两侧疼持续不缓解或伴有其他异常症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，怀孕期间要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态，合理饮食，定期产检。