肝血管瘤的病因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，这种情况从胚胎时期就已存在相关的发育偏差。
先天性发育异常因素
血管形成异常： 在胚胎发育的早期，血管组织的分化过程中出现了异常，使得肝脏内的血管结构发育不正常，逐渐形成血管瘤样的改变。比如在胚胎的第6 - 8周时，血管网的发育出现紊乱，就可能为肝血管瘤的形成埋下隐患。肝血管内皮细胞异常增殖： 肝内的血管内皮细胞本应按照正常的生长调控机制进行增殖，但如果出现异常增殖，就会导致局部血管过度聚集，进而形成肝血管瘤。这种异常增殖可能受到某些尚未明确的基因调控因素影响。
激素影响因素
女性激素相关： 临床观察发现，肝血管瘤在女性中的发生率相对较高，尤其是在青春期、妊娠期等女性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大。这提示女性激素可能对肝血管瘤的发生发展有一定影响。例如，有研究发现，在妊娠期女性体内雌激素水平大幅升高，部分患者的肝血管瘤会出现明显增大的情况。其他激素影响： 除了女性激素外，其他一些激素的异常变化也可能与肝血管瘤的形成有关，但具体的作用机制还需要进一步深入研究。不过可以确定的是，激素水平的波动在肝血管瘤的病因中占据一定地位。
其他可能因素
毛细血管感染后变形： 有观点认为，肝脏局部的毛细血管在受到感染等损伤后，可能会发生变形，进而形成血管瘤。比如肝脏曾经受到过一些轻微的感染，导致局部毛细血管的结构和功能发生改变，随着时间的推移，逐渐发展成为肝血管瘤。不过这种情况相对来说不是肝血管瘤形成的最主要原因，但也不能完全排除。肝内区域性血循环障碍： 当肝内区域性的血循环出现障碍时，会导致血管形成海绵状扩张，使得局部血管内皮细胞异常增生，最终形成肝血管瘤。例如，某些原因导致肝脏局部的血流速度减慢、血流量改变等，都可能引起这种血循环障碍，从而促进肝血管瘤的形成。