肝血管瘤的病因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下因素有关。首先，先天性发育异常是一个因素，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤。有研究发现，约10%的肝血管瘤患者有家族史，提示遗传因素可能在其中起到一定作用，但具体的遗传方式还不清晰。
先天发育异常相关
血管形成异常： 在胚胎时期，肝脏的血管发育出现紊乱，原始血管丛异常分化，使得血管内皮细胞过度增生，进而形成肝血管瘤。这种先天性的血管发育异常是肝血管瘤发生的重要内在因素之一。遗传倾向： 部分肝血管瘤患者存在家族聚集现象，虽然具体的遗传模式尚未完全明确，但提示遗传因素可能参与了肝血管瘤的发生。有研究统计，约10%的肝血管瘤患者有家族史，不过这并不意味着一定会遗传给后代，只是有一定的家族易感性。
激素影响方面
女性激素相关： 临床上发现，女性肝血管瘤患者相对较多，尤其是在青春期、妊娠期等女性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大。这可能与女性激素对血管内皮细胞的刺激作用有关。女性体内的雌激素等激素可能会促使血管内皮细胞增殖，从而促进肝血管瘤的形成或生长。例如，有资料显示，在妊娠期，约有10%的肝血管瘤患者会出现瘤体明显增大的情况。其他激素影响： 除了女性激素外，其他激素水平的变化也可能对肝血管瘤的发生有一定影响，但目前相关研究还相对较少。不过可以推测，激素水平的波动可能通过影响血管的生长调节机制，参与了肝血管瘤的形成过程。
其他可能因素
毛细血管感染后变形： 有学者提出，毛细血管在感染后可能发生变形，导致毛细血管扩张，进而形成肝血管瘤。比如，肝脏局部的毛细血管在受到细菌、病毒等感染后，其结构和功能发生改变，逐渐发展为肝血管瘤。但这种感染后变形导致肝血管瘤的具体机制还需要进一步深入研究来明确。肝脏局部组织增生： 肝脏局部的组织增生也可能与肝血管瘤的形成有关。当肝脏局部的某些细胞受到各种因素刺激后，出现异常的增生，这些增生的组织可能逐渐形成肝血管瘤样的结构。不过目前对于肝脏局部组织增生与肝血管瘤形成的具体关联机制还需要更多的研究来阐明。