痢疾杆菌感染的治疗主要是使用抗生素。一般来说，常用的抗生素有喹诺酮类药物等，比如环丙沙星等，不过对于儿童、孕妇等特殊人群用药会有不同限制。
抗生素的选择
喹诺酮类药物： 像环丙沙星是常用的针对痢疾杆菌的抗生素之一，它可以抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，达到杀菌效果。但儿童、孕妇通常不建议使用这类药物，因为可能会影响儿童骨骼发育，孕妇使用也可能对胎儿有潜在风险。头孢菌素类： 头孢曲松等头孢菌素类药物也可用于痢疾杆菌感染的治疗。对于不能使用喹诺酮类药物的患者，比如儿童、孕妇等，可以考虑选用头孢曲松。不过使用头孢菌素类药物前需要询问患者是否有头孢类药物过敏史，如果有过敏史则不能使用。
一般治疗措施
休息与饮食： 患者需要充分休息，让身体有足够的能量来对抗感染。在饮食方面，要进食易消化、高热量、高维生素的流食或半流食，比如小米粥、软面条等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，以免加重肠道负担。一般需要休息1 - 2周左右，直到症状明显缓解。补充水分： 由于痢疾杆菌感染可能会引起腹泻、呕吐等症状，容易导致脱水，所以要注意补充水分。可以多喝温开水，也可以适当喝一些淡盐水，每天补充水分量最好能达到2000 - 3000毫升，防止脱水引发电解质紊乱等情况。
对症治疗要点
止泻治疗： 如果患者腹泻症状比较严重，可在医生指导下使用止泻药物，比如蒙脱石散。蒙脱石散可以在肠道内形成保护屏障，吸附病原体和毒素，起到止泻作用。但使用时要注意按照说明书或医生嘱咐的剂量使用，过量使用可能会引起便秘等不良反应。退热治疗： 对于伴有发热的患者，如果体温超过38.5℃，可考虑使用退热药物，如对乙酰氨基酚。对乙酰氨基酚通过抑制前列腺素合成来发挥退热作用，一般服用后0.5 - 1小时左右体温会逐渐下降。不过儿童使用对乙酰氨基酚时要注意根据体重计算合适的剂量，避免用药过量。