三个月宝宝喉咙有痰，可能是以下原因引起：
1.呼吸道感染：宝宝的呼吸道比较狭窄，容易受到感染，导致喉咙有痰。
2.过敏：宝宝对某些物质过敏，也可能引起喉咙有痰。
3.鼻腔分泌物倒流：宝宝的鼻腔和喉咙是相通的，如果鼻腔分泌物倒流到喉咙，也会导致喉咙有痰。
4.喉软化：这是一种先天性疾病，由于喉部结构发育不完善，导致吸气时喉部塌陷，引起喉咙有痰。
以下是一些去除三个月宝宝喉咙里痰的方法：
1.拍痰：让宝宝趴在家长的腿上，手掌呈空心状，从下往上、由外向内轻轻拍打宝宝的背部，有助于痰液排出。
2.多喝水：可以让宝宝多喝水，有助于稀释痰液，促进痰液排出。
3.保持空气湿润：可以使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解喉咙不适。
4.调整体位：可以让宝宝侧卧或俯卧，有助于痰液排出。
5.就医治疗：如果宝宝的喉咙有痰情况严重，或者出现呼吸急促、咳嗽等症状，应及时就医，医生可能会根据宝宝的具体情况给予药物治疗。
需要注意的是，不建议家长自行给宝宝使用药物，尤其是化痰药物，因为这些药物可能会对宝宝的身体造成不良影响。在给宝宝治疗之前，最好先咨询医生的意见。