肾结石形成的原因主要与代谢异常、局部因素和药物因素等有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解限度，就容易析出结晶，逐渐形成结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分排泄量增加，就可能增加肾结石风险。
代谢异常相关原因
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多会使尿液中钙的浓度过高，超过尿液的饱和程度，钙就会以结晶形式析出，逐渐形成含钙的肾结石。正常情况下，尿钙排泄量每天一般在200-250mg左右，如果超过这个量就可能有风险。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致尿酸水平升高。尿酸在尿液中浓度过高时，就会形成尿酸结石。通常，男性血尿酸正常范围是150-416μmol/L，女性是89-357μmol/L，当血尿酸超过420μmol/L时，就容易出现尿酸结石相关问题。
局部因素相关原因
尿路感染： 尿路感染会改变尿液的成分和酸碱度，还会使细菌、坏死组织等成为结石的核心，从而促进肾结石形成。比如，变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙沉积形成结石。尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液中某些物质在局部积聚，容易形成结石。像肾盂输尿管连接处狭窄、输尿管结石等引起的梗阻，都可能引发肾结石。比如，输尿管结石造成梗阻后，梗阻上方的尿液无法顺利排出，其中的结晶物质就会在局部聚集，逐渐形成结石。
药物因素相关原因
某些药物： 一些药物服用后可能会增加肾结石的风险。例如，氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等。磺胺类药物在尿液中溶解度较低，容易形成结晶，从而增加磺胺类结石的形成几率。还有维生素D过量服用，会使血钙升高，进而增加尿钙排泄，增加肾结石形成的可能性。